Kursuse eesmärgiks on üliõpilastele tutvustada veebipõhiseid andmebaase geenide, nendelt avalduvate RNA ja valgujärjestuste ning geene reguleerivate elementide leidmiseks. Õpitakse saadud järjestusi võrdlema ning disainima praimereid eri tüüpi polümeraasi ahelreaktsiooni katseteks. Tehakse tutvust ka geeniontoloogia põhimõtte ja vastavate veebipõhiste andmebaasidega. Läbitakse sissejuhatus programmeerimiskeelde R.

The aims of the course are to familiarize students with web-based databases used for retrieving information on gene, RNA and protein sequences as well as their regulatory elements. The students will learn to design primers for different common polymerase chain reaction experiments and perform in silico PCR. Gene ontology concepts and relevant databases will be introduced.Gene ontology concepts and relevant databases will be introduced. Students will be familiarized with the basics of R programming language.

Kursuse läbinud üliõpilane:
- oskab andmebaasidest leida geenide, transkriptide ja valkude ning nende osade järjestusi;
- oskab iseloomustada tundmatut järjestust ning leida sellele lähim vaste;
- oskab esitada järjestusi, järjestuste motiive ning joondusi sisendina bioinformaatika programmidele;
- teab, kuidas disainida praimereid erinevat tüüpi polümeraasi ahelreaktsioonide läbiviimiseks ja testida olemasolevaid praimerjärjestusi;
- oskab leida ühiseid nimetajaid geenigruppidele ontoloogia seisukohast;
- tunneb programmeerimisekeele R põhikäske andmete sisestamiseks, lihtsamaks analüüsiks ja tulemuste salvestamiseks.

After completing the course the student:
- is be able to find sequences of DNA, RNA and proteins and their motifs;
- can characterize unknown sequences and find their closest equivalents;
- is able to present sequences, sequence motifs and alignments in relevant input formats to various bioinformatic programs;
- knows how to design primers for polymerase chain reactions of various types and to test primer sequences;
- can find common gene ontology denominators;
- knows fundamental R syntaxes for data import, basic analysis and export.

Õppeaine on mõeldud eelkõige üliõpilastele, kes ei kasuta igapäevaselt bioinformaatilisi vahendeid oma teadustöös. Kursuse käigus selgitatakse bioinformaatiliste meetodite võimalusi erinevate bioloogiliste probleemide lahendamisel. Tutvutakse erinevate veebipõhiste andmebaasidega, mille abil leida otsitavate nukleiinhapete ja valkude järjestusi, õpitakse saadud järjestusi joondama. Tutvutakse praimerdisaini põhimõtetega ning õpitakse grupeerima geenirühmi ontoloogiate alusel.

https://moodle.hitsa.ee/enrol/index.php?id=20709

The course is mainly targeted for students who do not use bioinformatics in their daily scientific work. The possibilities of bioinformatics methods in solving various biological problems will be explained. Students will be introduced to several web-based databases used for retrieving DNA, RNA and protein sequence information and for aligning those sequences. The concepts of PCR primer design and gene ontology will be presented.The concepts of PCR primer design and gene ontology will be presented. Students will be introduced to the programming environment R.

-

-

-

-

Maido Remm „Bioinformaatika";
Teadusartikleid jagatakse kursuse käigus
will be distributed during the course

-