Kursuse eesmärk on anda nii teoreetiline kui ka praktiline ülevaade rakkude metabolismi mudeldamisest ning disaini võimalustest, kasutades kineetilisi ja stöhhiomeetrilisi mudeleid.

The aim of the course is to provide both theoretical and practical overview of metabolic modeling of cellular metabolism and design possibilities using kinetic and stoichiometric models.

Õppeaine läbinud üliõpilane:
- mõistab rakkude kineetilise ning stöhhiomeetrilise mudeldamise põhiprintsiipe;
- tuvastab uurimistööks sobilikud mudeldamise meetodid ning kasutab neid püstitatud hüpoteeside testimiseks;
- rakendab omandatud teadmisi ja oskusi rakkude in silico disainimiseks ning metabolismi uurimiseks;
- analüüsib mudelitest saadud tulemisi ning seostab neid esialgsete uurimisküsimustega.

After completing this course, the student:
- understands the basic principles of kinetic and stoichiometric modeling of cells,
- identifies suitable modeling methods for a specific research questions and uses them to test the hypotheses;
- applies the acquired knowledge and skills to in silico cell design and metabolism research;
- analyzes the results obtained from the models and relates them to the initial research question.

Kursuse raames antakse seminaride vormis ülevaade kineetilise ja stöhhiomeetrilise mudeldamise põhiprintsiipidest, õpetatakse nende mudelite konstrueerimist ning töötatakse läbi praktilised näited mudelite kasutamise võimalustest nii ensüümide kineetikas kui ka in silico rakkude disainist uute biotehnoloogiliste protsesside disainimisel.

The course provides an overview of the basic principles of kinetic and stoichiometric modeling in the form of seminars, teaches the construction of these models and develops practical examples of the use of models in both enzyme kinetics and in silco cell design in the design of new biotechnological processes.

-

-

-

-

Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C., & Kowald, A. (2016). Systems biology: a textbook. John Wiley & Sons.
Palsson, B. (2015). Systems biology. Cambridge university press.
Beard DA, and Qian H. (2008). Chemical Biophysics: Quantitative Analysis of Cellular Systems. Cambridge University Press.

-