Kursuse eesmärgiks on anda tudengitele kokkuvõtlik ülevaade radade ja võrgustike -oomika andmete rikastusanalüüsi meetodist.

This course aims to give an overview about pathway and network analysis of -omics data using pathway enrichment analysis.

Peale kursuse läbimist oskab tudeng määrata geenide nimekirja ülegenoomsestest andemetest, määrata statistiliselt rikastatud rajad ning visualiseerida ning interpreteerida tulemusi.

After completion of this course a student should be able to define a gene list from genome scale data, determine statistically enriched pathways, and visualize and interpret the results.

See kursus käsitleb suuremahulisi eksperimentaalseid andmeid, mis saadakse ülegenoomsete (-oomika) katsete käigus. Kursuse käigus selgitatakse radade rikastusanalüüsi ja läbitakse samm-sammulised juhised aitamaks interpreteerida geenide nimekirju, mis saadakse genoomi ja transkriptoomi sekveneerimise katsetest. Kursus on mõeldud loodusteaduste doktorantidele, ei eelda eelnevaid teadmisi bioinformaatikast. Kasutatakse vabavara g:Profiler, GSEA, Cytoscape ja Enrichment Map.

This course gives a mechanistic insight into large gene lists typically resulting from genome scale (-omics) experiments. The course explains pathway enrichment analysis and goes through a practical step-by-step guide to help interpret gene lists resulting from RNA-seq and genome sequencing experiments. The course is designed for life science students with no prior bioinformatics training and uses freely available software including g:Profiler, GSEA, Cytoscape and Enrichment Map.

Tudeng osaleb loengutes ja läbib praktilised harjutused

Student attends the lectures and completes the tutorials

-

-

Antakse loengul/Given during the course

Agne Velthut-Meikas, kaasprofessor tenuuris (LK - keemia ja biotehnoloogia instituut)